Portfolio d'analyse et de traitement d'images biologiques 2D/3D

Cas 01

Segmentation glomérulaire et podocytaire

Exemple de workflow de segmentation glomérulaire et podocytaire sur des coupes de rein en fluorescence. L'analyse permet d'extraire des données biologiques de surface et d'intensité afin de comparer plusieurs groupes expérimentaux présentant des profils pathologiques différents.

  • Fluorescence
  • Glomérules
  • Podocytes
  • Surface
  • Intensité
Image source
Image source de coupe de rein en fluorescence
Segmentation
Segmentation glomérulaire et podocytaire
Données quantitatives
Scan 3D d'organoïde avant segmentation Scan 3D d'organoïde après segmentation

Cas 02

Quantification 3D

Mesure de volumes, surfaces et distributions spatiales sur jeux de données 3D.

Exemple de création d'extension et workflow d'analyse

Cas 03

Automatisation IA

Création de scripts et protocoles reproductibles adaptés aux contraintes du projet.

Cas 04

Extraction de données

Synthèse quantitative des mesures extraites après segmentation glomérulaire et podocytaire, avec contrôle visuel, suivi des objets détectés et lecture directe des variations d'intensité.

Distribution d'intensité n = 216
Glomérules 216 objets détectés
Nbr moyen de podocyte par glom 8.6 moyenne par structure
Contrôle qualité d'analyse glomérulaire Contrôle qualité
Intensité moyenne

Méthode

01 Comprendre

Définition du type d'image, de l'objet biologique et de la mesure attendue.

02 Segmenter

Choix du pipeline, contrôle qualité visuel et ajustement des paramètres.

03 Quantifier

Extraction de mesures fiables, structurées et reproductibles.

04 Livrer

Export des tableaux, graphiques, protocoles et éléments réutilisables.