Services
Mise en place de pipelines complets d'analyse et de traitement à partir d'images de microscopie optique, fluorescence, brightfield, RGB, multi-canaux ou autres modalités, afin d'en extraire des informations biologiques fiables et robustes.
Identification et délimitation fiables d'objets biologiques à partir de modèles mathématiques, d'approches classiques de traitement d'image et de modèles d'IA adaptés aux structures observées.
Mesure de structures, volumes, surfaces, intensités, colocalisations et distributions spatiales sur des jeux de données 2D et 3D, avec des sorties claires et exploitables.
Création de protocoles automatisés, standardisés et reproductibles pour permettre aux équipes scientifiques de réutiliser, documenter et déployer facilement leurs analyses sur de nouveaux jeux de données.
Développement, entraînement et utilisation de modèles d'intelligence artificielle performants pour la segmentation, la détection et l'analyse d'objets biologiques complexes, avec adaptation aux besoins spécifiques de chaque projet.
Création de tableurs structurés, clairs et exploitables pour organiser les résultats issus de l'analyse d'images, avec mise en place de graphiques scientifiques adaptés aux distributions, comparaisons et visualisations quantitatives pour faciliter l'interprétation, l'exploitation et l'intégration des données dans les rapports ou publications.
Utilisation de logiciels spécialisés tels que QuPath, Fiji (ImageJ), Imaris, ainsi que d'outils d'analyse de données comme Excel ou GraphPad Prism, avec intégration de modèles d'intelligence artificielle comme les CNN ou U-Net et développement de solutions en Python pour automatiser, optimiser et adapter les analyses aux besoins spécifiques de chaque projet.
Développement d'outils, de scripts et de workflows personnalisés en fonction des contraintes expérimentales, des types d'images et des objectifs biologiques du projet, afin de proposer une solution réellement adaptée aux besoins du laboratoire.
Portfolio
À propos
Formation
Spécialisation en analyse et traitement d'images, machine learning, deep learning, traitement du signal et outils quantitatifs appliqués.
Formation en optique ondulatoire, physique quantique, mécanique des fluides, électromagnétisme, thermodynamique et relativité.
Compétences
Langages & scripting
Logiciels & outils